Mientras la época colonial comenzaba a ser historia para los peruanos, continuaba la lucha patriótica para consolidar nuestra Independencia. A ello se sumaba el caos político que trajo consigo el cambio de sistema gubernamental.
Entre 1839 y 1868, el Perú tuvo 13 presidentes o encargados del gobierno, casi todos militares, que lidiaron con incontables levantamientos e intentos de golpe de Estado.
Con esta coyuntura política, El Comercio informó desde un inicio los sucesos más trascendentales y novedosos de su tiempo.
En 1853 publicó literatura de folletín por entregas como La Choza del Tío Tom, importante por su mensaje libertario.
Asimismo, fue el primero en publicar una litografía en setiembre de 1839. Anunció la llegada, en 1842, del primer daguerrotipo al puerto del Callao. Continuando en esa línea, publicó en su primera plana del 31 de julio de 1898 la primera fotografía.
Una de las grandes paradojas de nuestra historia se desarrolla en la década de 1870, cuando la riqueza del Perú, que se originaba del oro y la plata, pasó a depender del guano y el salitre. Esa riqueza fue despilfarrada por la sociedad de la época y se creó una ilusión de prosperidad que terminó cuando el precio del guano comenzó a bajar.
El caudillismo y el militarismo, casi perennes en el gobierno, le dieron paso al Partido Civil. Así Manuel Pardo y Lavalle fue el primer presidente civilista del Perú (1872-1876).
El Comercio informó así el 4 de abril de 1879: “ La guerra declarada oficialmente. La palabra amiga del Perú ha sido rechazada y Chile ha respondido con un reto audaz á nuestros buenos oficios, leales y honrados, de paz y confraternidad… El Perú lo espera todo del patriotismo de sus hijos y de la entereza de sus gobernantes”.
Por ello el diario decano envió al corresponsal Rodolfo del Campo para que viajara en la corbeta Unión y mantener así informado al país de las hazañas del Huáscar al mando de Miguel Grau. El futuro héroe peruano había recibido el respaldo de El Comercio cuando fue nombrado capitán del navío.
“Yo no sé con qué palabras expresar mejor reconocimiento a la distinción de que soy objeto y a los elogios que bondadosamente se me prodigan por personas distinguidas cuya opinión tanto respeto”, escribió Grau en una de las líneas de su carta al diario decano el 5 de septiembre de 1879.