Es el principal templo de la ciudad, en el Perú y alberga la sede de la Arquidiócesis del Cusco. Desde 1983 al ser parte del casco histórico de la ciudad del Cusco, forma parte de la zona central declarada por la UNESCO. Posee espléndidos altares de estilo tanto renacentista como barroco y neoclásico.
La primera fundación de la iglesia se efectuó el 17 de julio de 1571, por orden del Virrey Francisco de Toledo. En la porción central del altar se halla la imagen de la Virgen de la Inmaculada Concepción, más arriba un lienzo representando la Transfiguración de Jesús.
En ella están enterrados los restos de los dos Diego de Almagro, el Viejo (1538) y el Mozo (1542). En esta Iglesia se encuentra la joya y reliquia "La Custodia de la Merced", hecha en oro y con incrustaciones de diamantes: 1538 pedazos de diamantes y gemas y 628 perlas.
Fue construida por orden del virrey Francisco de Toledo en 1572 y debió restaurarse luego del sismo de 1650. Desde 1972 el inmueble forma parte de la Zona Monumental del Cusco declarada como Monumento Histórico del Perú.
Fue una de las primeras parroquias construidas en el Cusco por orden del Virrey Francisco Toledo, en el siglo XVI. Fue reconstruida tras algunos sismos en el siglo XVII. Posee una importante colección de pinturas de la Escuela Cusqueña y un célebre púlpito de estilo barroco.
La actual iglesia y el Convento de Santo Domingo fueron construidos sobre el Templo del Sol y el Qoricancha en el siglo XVI. La Iglesia tiene tres naves y una cúpula. Además posee una bella sillería para el coro tallada en cedro.
La iglesia fue construida en el siglo XVI por iniciativa de Cristóbal Paullu Inca, príncipe inca hermano de Huáscar, Atahuallpa y Manco Inca, a quien los españoles le adjudicaron el solar donde hoy está el templo. En el año 2007 se encontró, enterrados debajo de la iglesia, los restos su fundador, el príncipe inca Cristóbal Paullu.
